時間外労働をした場合の割増賃金の計算の基礎となる賃金（給与）は、通常の労働時間の賃金です。この賃金に何が該当するかは、「残業代の割増賃金の計算に含めなくても良い手当は何ですか？」をご覧ください。
管理職手当を支給している場合、これらがこの割増賃金の計算に含めなければならない「手当」に該当するのかどうか？という問題があります。というのは、会社側としては、管理職手当には時間外労働に対する手当という意味合いも含めているという認識であることが多いからです。

残念ながら、「営業手当を支給している場合は、時間外労働手当を支払わなくても良いのでしょうか？」に書きましたとおり、これらの手当は時間外労働手当であると明確に規定していない限り、時間外労働手当としては認められない可能性が高いものです。
特に管理職手当の場合、支給対象となっている管理職が労働基準法上の「管理監督者」には該当しないことも少なくなく時間外労働手当を支給する義務のある事が多いのですが、この本来支払うべき時間外労働手当を管理職手当として支給しているという扱いをされていることも多々見受けられます。
この場合、本当に紛争となった場合は、会社側に厳しい判断となる事の方が多いようです。

もしも、管理職手当を時間外労働手当見合いとして支給するのであれば、まず、時間外労働手当見合いであることを明確にし、その額の根拠となっている割増賃金としての単価や対象としている時間数等に関する計算式等を明記する必要があるでしょう。
管理職手当の内訳として、時間外労働手当見合いである部分と役職に関する責務に対する支給の部分がある場合は、これらを明確に切り分けておく必要があるでしょう。
管理職ともなれば基本給が相当に高額でいらっしゃる可能性も考えられます。このため、時間外労働手当として計算した結果の額はかなり高額となると考えられます。その額が役職への責務に対する手当としては高額すぎる場合は、責務に対する手当と時間外労働に対する手当は別に設定した方が良いかもしれません。もちろん、その場合も、責務に対する手当部分は割増賃金の計算の基礎となります。
いずれにしましても、時間外労働手当見合い部分の金額が実際に計算をした時間外労働手当の額より少ない場合は、その差額を支給する義務が生じます。

逆に言えば、時間外労働手当として適切な額を支払っていたとしても、それが時間外労働手当であると明確にされていない場合、割増計算の基礎に入れなければならない事ともなります。当然に、それだけ時間外労働手当は高額となります。
もし、時間外労働手当見合いとして管理職手当を支給するのであれば、その旨を就業規則（賃金規程）や給与明細書に明記されるのが良いでしょう。





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